Die Buchhaltung von info fauna wird jährlich von einem unabhängigen Treuhandbüro überprüft. Die genaue Kontrolle erstreckt sich nicht nur über die Finanzen des Betriebs, sondern auch über die Finanzen der verschiedenen Projekte, die info fauna leitet (z.B. Projekt Rote Liste).

Der jährliche Bericht des Treuhandbüros wird dem Stiftungsrat übergeben. Nur dieser ist bevollmächtigt, den Bericht zu genehmigen und der Direktion Decharge zu erteilen. Anschliessend wird er der eidgenössischen Stiftungsaufsicht in Bern zugstellt.