Il Consiglio di fondazione redige gli statuti e i regolamenti dell'istituzione. È inoltre incaricato dell'elezione dei membri e della definizione delle competenze del Consiglio scientifico, della nomina e del controllo delle attività del direttore, dell'approvazione del rapporto e del programma di attività, dei compiti e del budget annuale.

Il Consiglio è composto da sette membri, che rappresentano le tre istituzioni fondatrici del CSCF. (riunisce i rappresentanti dei tre membri fondatori).

Presidente :

• da Prof. Dr. Felix Kessler, Professeur à l’institut de biologie de l’Université de Neuchâtel et Vice-recteur recherche

per la città di Neuchâtel :

• da Sig. Ludovic Maggioni, direttore del museo di storia naturale di Neuchâtel

• da Sig. Blaise Mulhauser, direttore del jardin botanique Neuchâtel

per l'Università di Neuchâtel :

• da Prof. Dr. Etienne Piguet, presso l'Institut de géographie

e per la Conferenza dei delegati della protezione della natura e del paesaggio:

• ​da Sig.ra Ursina Wiedmer, biologa, direttrice del dipartimento protezione della natura al servizio cantonale paesaggio e natura, cantone di Zurigo
• da Dr. Bertrand von Arx, biologo, direttore deé dipartimento della biodiversità alla direzione generale dell'agricoltura e della natura (DGAN), cantone di Ginevra
• da Prof. Dr. Florian Altermatt, Professeur d’écologie aquatique à l’Université de Zürich et à l’Eawag ; Président du Forum biodiversité