Der Biber ist seit 1962 bundesrechtlich geschützt. Der Schutz wird über das Bundesgesetz über die Jagd und den Schutz wildlebender Säugetiere und Vögel ( Jagdgesetz, JSG SR 922.0 ) und die Verordnung über die Jagd und den Schutz wildlebender Säugetiere und Vögel ( Jagdverordnung, JSV SR 922.01 ) geregelt. 

Die Jagdverordnung verlangt für eidgenössisch geschützte Arten die Erstellung von Konzepten, die den Umgang mit diesen Arten regelt. Seit 2004 gibt es auf nationaler Ebene ein Konzept für den Biber (Konzept Biber Schweiz   ).

Nicht nur der Biber ist geschützt, sondern auch sein Lebensraum und somit auch all seine Bauten (Dämme und Burgen). Dies wird über das Natur- und Heimatschutzgesetz und deren Verordnung ( NHG, SR 451 ; NHV, SR 451.1 ) und über das Wasserbaugesetz ( SR 721.100 ) geregelt.

Änderungen im Gewässerschutzgesetz ab 1.1.2011
Der Fischereiverband hat mit den Umweltverbänden 2005 die Initiative Lebendiges Wasser lanciert, um die vielfältigen Probleme unserer Gewässer langfristig zu lösen. Der Bundesrat lehnte diese Initiative ohne Gegenvorschlag ab. Die Umweltkommission des Ständerates hat daraufhin einen indirekten Gegenvorschlag ausgearbeitet. 2009 haben die eidgenössischen Räte die daraus resultierende Parlamentarische Initiative Schutz und Nutzung der Gewässer angenommen. Sie umfasst Änderungen des Gewässerschutzgesetz   und der Gewässerschutzverordnung , des Wasserbau   - und des Energiegesetztes   sowie des Gesetzes über das bäuerliche Bodenrecht .
Die beschlossenen gesetzlichen Änderungen verfolgen mehrere Ziele: die Revitalisierung der Gewässer, die Verminderung der negativen Auswirkungen von Schwall und Sunk unterhalb von Wasserkraftwerken, die Reaktivierung des Geschiebehaushalts, die Wiederherstellung der Fischgängigkeit und die Sicherung des nötigen Gewässerraums sowie dessen extensive Gestaltung. Am 4. Mai 2011 hat der Bundesrat die entsprechenden Änderungen der Gewässerschutzverordnung nun verabschiedet. Diese trat auf den 1. Juni 2011 in Kraft .