Die Datenschutzrichtlinien (Deontologie) regelt den Umgang mit den in der Datenbank des CSCF eingetragenen Daten. Seit 2010 liegt eine neue gemeinsame Version für alle nationalen Datenzentren für Fauna und Flora vor. Das Dokument erläutert die Rechte des Datenmelders, den Schutz der Daten und die Weitergabe von Daten an Dritte.