Le Conseil scientifique fixe en collaboration avec le directeur les axes de recherches et le programme d'activités du CSCF. Il a la responsabilité scientifique des travaux effectués et assume la rédaction de la série «Fauna Helvetica».
Ses onze membres proviennent d'horizons très divers :
Président :
Dr. Thomas Dalang, département Dynamique du paysage et aménagement du territoire du WSL
assisté de :
Dr. Michel Brancucci, conservateur au Naturhistorisches Museum de Bâle
Dr. Mahmoud Bouzelboudjen, hydrogéologue, consultant dans la modélisation des sytèmes naturels, SITEL
Dr. Daniel Cherix, conservateur au Musée Zoologique et professeur au département d'écologie et évolution de l'Université de Lausanne
Dr. Christophe Dufour, conservateur du Muséum d'histoire naturelle de Neuchâtel
Dr. Ambros Hänggi, chef du département des sciences biologiques au Naturhistorisches Museum de Bâle
M. Ueli Hofer, écologue indépendant, Bienne M. Claude Meier, écologue indépendant, Zürich Dr. Bernhard Merz, conservateur au Muséum d'histoire naturelle de Genève
Mme. Lucia Pollini, conservatrice au Museo di storia naturale de Lugano
Dr. Blaise Zaugg, écologue indépendant, Neuchâtel