Die Buchhaltung des SZKF wird jährlich von einem unabhängigen Treuhandbüro überprüft. Die genaue Kontrolle erstreckt sich nicht nur über die Finanzen des Betriebs, sondern auch über die Finanzen der verschiedenen Projekte, die das SZKF leitet (z.B. Projekt Rote Liste).

Der jährliche Bericht des Treuhandbüros wird dem Stiftungsrat übergeben. Nur dieser ist bevollmächtigt, den Bericht zu genehmigen und der Direktion Decharge zu erteilen.

Da zwischen dem SZKF und der Koordinationsstelle für Amphibien- und Reptilienschutz in der Schweiz (KARCH) sehr enge Verbindungen bestehen, wendet die Prüfstelle bei beiden Institutionen dasselbe Verfahren zur Rechnungskontrolle an.