Le CSCF s'est doté d'un code de déontologie pour réglementer le flux des données répertoriées dans sa banque de données. Une nouvelle version du document, commune à l'ensemble des centres nationaux de gestion de données fauniques et floristiques a vu le jour en 2008. Ce document apporte des précisons sur les droits du légataire, la protection des données et la fourniture de données à des tiers.