Les informations tabulaires dont dispose le CSCF sont gérées par le système relationnel de gestion de Base de données ORACLE et donc réparties dans divers fichiers thématiques interconnectés. Les informations relatives aux observations sont rassemblées dans un fichier " dit " principal (CAPT) relié, par des codes numériques ou alphanumériques, à des fichiers secondaires de décodage. A ces derniers appartiennent les fichiers systématiques (ORDRES, FAMILLES, ESPECES), ceux identifiant les milieux inventoriés (TYPOLOGIE), les méthodes d'échantillonnage (METHODES), les communes (COMMUNES) ou les observateurs (LEG) par exemple.

Les couches d'informations spatiales (modèle numérique de terrain, régions biogéographiques, inventaires fédéraux, lacs et cours d'eau...) sont gérées par le système ArcGIS (ESRI). Le lien qui les unis aux informations tabulaires est assuré par les coordonnées géographiques attribuées aux observations des fichiers principaux de la BdD.